Durante los '40, un joven Magneto y su familia son perseguidos por los nazis durante el Holocausto[1]. Su familia es exterminada, sin embargo Magneto logra sobrevivir, sólo para ser capturado y enviado a Auschwitz, donde es forzado a trabajar en el Sonderkommando.

En el Auschwitz, Magneto se enamora de una gitana llamada Magda. Juntos escapan del campo donde fueron prisioneros y se casan, teniendo pronto una hija: Anya. Más tarde Anya es asesinada en un tiroteo, con una multitud de gente impidiendo a Magneto salvarla.

Enfurecido, los poderes de Magneto se manifiestan incontrolablemente, asesinando toda aquella multitud y a los ciudadanos circundantes. Atemorizada, Magda huye de Magneto, descubriendo meses más tarde su nuevo embarazo. Después de dar a luz a los gemelos mutantes Quicksilver y Bruja Escarlata, Magda desaparece.

Horrorizado por la destrucción de la ciudad, y tratando de encontrar a Magda entre su propia gente, se revela que Magneto paga un forjador para crear la cubierta de identidad "Erik Lehnsherr the Sinte gypsy" para si mismo [2].

Más tarde, Xavier recuerda conocer a Magneto, de aquellos tiempos en el que usaba el apodo "Magnus"[3], cuando trabajaban juntos en un hospital psiquiátrico cerca de Haifa. Allí tuvieron lugar dos largamente sostenidos debates sobre las consecuencias de la humanidad enfrentada a los mutantes, aunque ninguno de los dos le reveló al otro ser un mutante.

Cuando ambos amigos se revelan sus poderes uno ante otro y enfrentan al Baron Wolfgang von Strucker, Magneto se retira, sabiendo que su punto de vista y el de Xavier eran definitivamente incompatibles.

Fue también este episodio el que le facilitó a Magneto el financiamiento inicial para varias de sus empresas, al haber confiscado el oro nazi que Strucker buscaba. Algún tiempo después del abandono de su esposa, Magneto trabajó como cazador de los criminales nazis para una misteriosa agencia, recibiendo órdenes de un hombre conocido como Control. Control y su agencia decidieron que Magneto se tomaba demasiadas libertades en sus tareas, e intentaron matarlo, pero Magneto aparentemente los mata a todos antes.

La experiencia de Magneto en el campo de concentración Auschwitz forma su perspectiva respecto a los mutantes y el resto del mundo. Determinado de evitar tales atrocidades contra los mutantes, está dispuesto a hacer lo que sea para proteger a los suyos. Tiene fe en que los mutantes ("Homo superior") se convertirán en la forma de vida dominante en el planeta. Sin embargo, constantemente duda entre la coexistencia pacífica con el homo sapiens y el deseo de reforzar su superioridad sobre toda la humanidad.

El primer acto de terrorismo que Magneto llevó a cabo fue un ataque a una base militar estadounidense. Magneto se ve frustrado por los estudiantes mutantes de Charles Xavier, los X Men. Después de conformar la hermandad de mutantes malvados, Magneto conquista brevenemente la nación ficticia Sudamericana de San Marco con la esperanza de establecer una tierra mutante allí, pero los X Men lo detienen nuevamente. Más tarde, crea a Asteroid M, una base orbital de operaciones en un asteroide que él y sus seguidores lanzan al espacio, pero también es destruido por los X Men en una batalla.

Después de varios intentos fracasados de unir más mutantes a su causa, Magneto intenta forzar la lealtad de la entidad Stranger. Un poderoso ser extraterrestre, el Stranger, le encomienda a Magneto una misión especial y lo envía a otro planeta, donde permanece por mucho tiempo. La hermandad de Magneto se quebranta, y Quicksilver y la Bruja Escarlata lo abandonan. Eventualmente Magneto logra escapar y volver por su propia cuenta a la Tierra, donde pretende reenlistar a todos a su causa, pero sus planes se ven opacados por su anterior seguidor Toad, quien se ha cansado del maltrato de Magneto.

Usando tecnología alien muy antigua y avanzada que encuentra cerca del centro de la Tierra, Magneto crea un homanoide artificial al cual llama "Alpha the Ultimate Mutant." Pero Alpha se rebela contra su creador y reduce a Magneto a su infancia. Entonces Magneto se ve interesado en el antiguo amor de Xavier, la Profesora Moira MacTaggert en Muir Island. Allí, MacTaggert se enrola vanamente con el código genético del infante Magneto para prevenirlo de volverse "malvado" cuando adulto. Sin embargo, las modificaciones genéticas pierden sus efectos cuando Magneto reactiva sus poderes. Magneto es eventualmente restaurado a la adultez cuando es encontrado en Muir Island por el alien agente Shi'Ar Erik the Red